生物污染是由可导致人体疾病的各种生物特别是寄生虫、细菌和病毒等引起的环境（大气、水、土壤）和食品的污染。未经处理的生活污水、医院污水、工厂废水、垃圾和人畜粪便（以及大气中的漂浮物和气溶胶等）排入水体或土壤，可使水、土环境中虫卵、细菌数和病原菌数量增加，威胁人体健康。污浊的空气中病菌、病毒大增，食物受霉菌或虫卵感染都会影响人体健康。海湾赤潮及湖泊中的富营养化，某些藻类等生物过量繁殖。也是水体生物污染的一种现象。生物污染与化学污染、物理污染的不同之处在于：生物是活的、有生命的，外来生物能够逐步适应新环境，不断增殖并占据优势，从而危及本地物种的安全。
生物污染的特点：一是预测难，人们对外来生物在什么时候、什么地方入侵难以作出预测。二是潜伏期长，一种外来生物侵入之后，其潜伏期长达数年，甚至数十年，因此，难以被发现，难以跟踪观察。三是破坏性大，外来生物的侵入，在破坏了当地生态环境的同时，也破坏了该生态系统中各类生物的相互依存关系，可能造成严重的后果。